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有别于人工监测方式，所谓自动监测是指利用事先装置及设定之监测设备，依其设备功能与条件设定，以定时或连续方式采取样品并进行分析。如大气环境及烟道排气常用的自动监测之监测项目有O3、CO、CO2、SOx、NOx、HC等；自来水处理厂处理单元自动监测项目有pH、水温、ORP等；污水处理厂及放流口自动监测项目有pH、水温、COD、SS等；河川、湖泊、水库水质监测站自动监测项目有pH、水温、DO等。但自动监测设备需定期维修及校正，方能使监测数据具有代表性。
